Автор понад 550 наукових праць, серед них 9 індивідуальних монографій. Займався дослідженнями, пов'язаними з оцінкою і прогнозуванням темпів і пропорцій розвитку і розміщення продуктивних сил по території країни у взаємозв'язку з охороною навколишнього середовища. Алимов досліджував проблему розвитку ядерної енергетики і раціонального розміщення енергетичних об'єктів як з погляду народногосподарської ефективності.