Розглянуто еволюцію та стан системи контролю господарської діяльності бюджетних установ. Визначено загальноекономічні, політичні та соціальні фактори впливу на контроль господарської діяльності бюджетних установ. З їх врахуванням сформовано Концепцію реформування контролю господарської діяльності бюджетних установ. Запропоновано удосконалення його термінологічного апарату, визначено предмет, об'єкти, мету, завдання. Опрацьовано чинні методики аудиту фінансово-господарської діяльності бюджетних установ і аудиту ефективності виконання бюджетних програм і наведено пропозиції щодо їх удосконалення. Визначено особливості проведення внутрішнього контролю та внутрішнього аудиту в бюджетних установах. Удосконалено підходи до організації контролю, у тому числі, організації забезпечення контролю, організації технології консольного процесу, організації праці виконавців контрольних дій.

Проведено історичний аналіз розвитку контролю господарської діяльності бюджетних установ від найдавніших часів до сьогодення. Висвітлено теоретичні засади контролю цієї діяльності в Україні та його організації, увагу приділено системі внутрішнього фінансового контролю діяльності бюджетних установ як фактору удосконалення процесу управління державними фінансами. Розглянуто питання організації та методики контролю відповідно до міжнародних стандартів у контексті модернізації системи державних фінансів України. Акцентовано на методиці аудиту фінансово-господарської діяльності бюджетних установ та оцінюванні якості та ефективності контролю їх господарської діяльності.